La storia del centro abitato di Pantalica è ancora difficile da comprendere, sulla base dei dati archeologici. Potrebbe essere scomparso nel tempo o nascosto sotto la superficie del pianoro. Il cosiddetto Anaktoron dovrebbe però rappresentare il cuore politico di questo insediamento. È un edificio datato al XIII secolo a.C., posizionato strategicamente in cima alla collina Il nome, che significa "palazzo del sovrano" o "residenza regale" in greco, è stato dato dall’archeologo Paolo Orsi, che ha riconosciuto l'importanza della struttura come centro del potere. È anche noto come "palazzo della regina".

La tecnica costruttiva dell'Anaktoron è basata sull’uso di enormi blocchi di pietra lavorati con precisione e incastrati perfettamente, probabilmente provenienti da una zona situata a molti chilometri di distanza da Pantalica. L'accuratezza della costruzione è quindi da mettere sullo stesso piano della ricercatezza mostrata nella scelta della pietra. Queste caratteristiche architettoniche indussero Orsi a ipotizzare possibili contatti con la civiltà micenea, in quel tempo dominante nel Mar Mediterraneo. Successivamente, Bernabò Brea aveva proposto di identificare Pantalica con la Hybla menzionata da Tucidide (VI, 4) e Polieno (V, 5). I Megaresi, fondatori di Megara Hyblea, sarebbero stati accolti da Hyblon, re di Hybla, al seguito di uno scontro con i Calcidesi di Lentini. Questa situazione di equilibrio però si rompe con la fondazione di Siracusa, che potrebbe essere responsabile di una prima distruzione di Pantalica.

Le possenti mura e la presenza di un grande focolare centrale nell’Anaktoron richiamano infatti le fortificazioni di Tirinto e Micene, oltre ai "megara ton andron" (μεγάρων ανδρών), spazi in cui i dignitari micenei prendevano decisioni. È facile immaginare questo edificio come un luogo di potere, dove si decidevano le sorti della comunità di Pantalica.